[R] 거리행렬로 군집분석 / distance matrix clustering

1) 우선 cluster 패키지를 불러와서 라이브러리 선언

install.packages("cluster")

library(cluster)

2) 거리 데이터를 행렬로 입력

d<-matrix(c(

  0, 1, 11, 5,

  1, 0, 2, 3,

  11, 2, 0, 4,

  5, 3, 4, 0), nrow=4, ncol=4, byrow=T)

3) 거리 데이터를 입력한 행렬을 거리행렬로 지정하기 위해서 as.dist() 옵션을 사용

d<-as.dist(d)

4) 계보적 군집분석을 위한 hclust(d, method="방법") 함수를 사용하려면 거리행렬(d)만 사용가능

hclust(d, method="single") # single linkage

hclust(d, method="complete") # complete linkage

hclust(d, method="average") # average linkage

5) dendrogram으로 보려면 plot()함수 사용

plot(hclust(d, method="single"))

plot(hclust(d, method="complete"))

plot(hclust(d, method="average"))